علي مصطفى مشرفة هو ابن مصطفى عطية مشرفة ، عالم دين من أتباع جمال الدين الأفغاني ومحمد عبده. نشأ علي مصطفي ى وإخوته الأربعة الصغار نفيسة ومصطفى وعطية وحسن نشأوا على معتقدات دينية قوية في القرآن. استمر هذا التأثير المبكر طوال حياته ورأى أن العلم مرتبط ارتباطًا وثيقًا بحضور الله.